Un científico llamado Gate fue a explorar la zona de la collision de Eurasia encontró ahí un objeto raro, un chip, que contenía el ADN de Zero, al darse cuenta de las grandes posibilidades, lo lleva a su laboratorio para examinarlo, sin embargo y sin darse cuenta de ello, Gate es infectado con el virus llamado virus Zero.
Aquí Isoc, que es el ayudante de Gate, entra en el laboratorio y le da la idea de construir un robot más poderoso que cualquier otro, así nace High-max en base del ADN de Zero. Debido al virus Zero, Gate piensa crear un país para los reploids en el cual no existiesen los humanos.
En el Mundo Reploid se extienden los rumores de un virus Maverick llamado Zero Nightmare, un Reploid lleno de maldad que está propagando el caos en todo el mundo. X, curioso acerca de este Maverick, y enojado por el uso del nombre de su difunto amigo, se lanza a la batalla.
En el trascurso de la historia Alia le cuenta a X o a Zero que ella y Gate eran compañeros de laboratorio hace muchos años, en ese tiempos Alia era más inteligente que Gate y este la asistió.
Al vencer a Gate, éste revela que ha traído de vuelta a Sigma; Gate despierta a Sigma quien le dice que lo necesitaba y absorbe lo que queda de Gate, luego se esconde en su fortaleza para intentar repararse de su deplorable estado, pero X y Zero lo persiguen hasta que lo encuentran y lo derrotan.
GATE
BLAZE HEATNIX
RAINY TURTLE
METAL SHARK PLAYER
SIGMA
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